Pipe ist ein Puzzlespiel
Mithilfe verschiedener Rohrstücke, die zufällig in einer Reihe präsentiert werden, muss der Spieler vom Startstück aus einen Weg für den heranströmenden Kanalschleim, auch „Flooz“ genannt (in der Hilfe der Windows-Version von 1991 wird er als „Goo“ bezeichnet), bauen, der nach einer gewissen Zeitverzögerung ab Rundenbeginn zu fließen beginnt. Die Stücke dürfen nicht gedreht werden; sie müssen wie in der Reihe platziert werden. Der Spieler kann ein zuvor gelegtes Stück durch Anklicken ersetzen, solange der Flooz es noch nicht erreicht hat. Dies führt jedoch zu einer kurzen Verzögerung, bevor das nächste Stück gelegt werden kann. Der Flooz muss eine bestimmte Anzahl von Rohrstücken passieren, damit der Spieler zur nächsten Runde gelangen kann. Manche Runden enthalten zusätzlich zur Mindestrohrlänge ein Endstück, das das Ende der vom Spieler gebauten Rohrleitung darstellen muss.
Die Fertigstellung der Kanalleitung in der vorgegebenen Zeit ermöglicht dem Spieler den Aufstieg ins nächste Level. Dies verkürzt die Zeitspanne vom Rundenbeginn bis zum Fließen des Flooz und sorgt für schneller fließenden Flooz. In höheren Leveln erscheinen spezielle Rohrstücke im Spiel, wie z. B. Reservoirs, Einbahnstraßen und Bonusstrecken. Auch Hindernisse und Umlenkungen erscheinen in höheren Leveln auf dem Spielbrett.
Schafft es ein Spieler, das Level mit fünf Querschnittstücken zu beenden und diese in beide Richtungen zu füllen, erhält er 5.000 Bonuspunkte. In Bonusrunden steht dem Spieler ein Raster voller Rohrstücke und ein freies Feld zur Verfügung. Ziel ist es, die Stücke zu verschieben und so einen möglichst langen Weg für den Flooz zu schaffen.